Jabatan Muzium-Muzium Brunei ditubuhkan dalam tahun 1965 dan ditempatkan secara sementara di Bangunan Dewan Kemasyarakatan (sekarang Bangunan Tabung Amanah Islam Brunei), Bandar Brunei (sekarang dikenali Bandar Seri Begawan). Bangunan Muzium Brunei dibina dalam tahun 1968 dan siap dalam tahun 1970. Ianya dibuka rasmi pada 29 Februari 1972 oleh Kebawah Duli Yang Maha Mulia Baginda Queen Elizabeth II.
The Brunei Museum Department was established in 1965 with its temporary office located at the former Community Hall in Bandar Seri Begawan. In 1968, construction of the first museum, Muzium Brunei in Kota Batu started and completed in 1970. Muzium Brunei was offically opened on 29 February 1972 by Her Majesty Queen Elizabeth II.
Bangunan Jabatan Muzium pada tahun 1965
Kawasan Kota Batu difikirkan lokasi yang paling sesuai untuk bangunan Muzium Brunei memandangkan Kota Batu merupakan tempat yang bersejarah. Kota Batu pernah menjadi ibu kota Brunei dan pusat pemerintahan sultan-sultan Brunei. Selain daripada itu, kira-kira 200 meter dari lokasi ini juga terdapatnya Makam Sultan Bolkiah, Sultan Brunei yang ke-5.
Kota Batu was the ideal location for the first museum in Brunei Darussalam because of it's history. Kota Batu was the capital city of Brunei the administration centre for the Sultan's of Brunei. Approximately 200m from the museum is the tombstone of the 5th Sultan of Brunei, Sultan Bolkiah.